2017. július 30., vasárnap

Hogyan találták meg a korábban gyógyíthatatlan betegség ellenszerét

Megértették, hogy a kórokozó hogyan működik.
Mi, akik az öregség elleni gyógykezelést akarjuk kidolgozni, kövessük a példájukat.

Some modern approaches to treating this disease have been developed, based on an understanding of enzymology and metabolism.

Lehninger-Nelson-Cox: Principles of Biochemistry, 716.o.

2017. július 29., szombat

Micsoda szédületes gyártástechnológia: mire a PRPP-ből, az ATP-ből és a glutaminból hisztidin lesz !

A kedvencem: N¹-5'-phosphoribulosyl-formimino-5-aminoimidazole-4-carboxamide ribonucleotide !

The histidine biosynthetic pathway in all plants and bacteria is novel in several respects. Histidine is derived from three precursors (Fig. 21-17): PRPP contributes five carbons, the purine ring of ATP contributes a nitrogen and a carbon, and the second ring nitrogen comes from glutamine. The key steps are the condensation of ATP and PRPP (N-1 of the purine ring becomes linked to the activated C-1 of the ribose in PRPP) (step ① in Fig. 21-17), purine ring opening that ultimately leaves N-1 and C-2 linked to the ribose (step ③), and formation of the imidazole ring in a reaction during which glutamine donates a nitrogen (step ⑤). The use of ATP as a metabolite rather than a high-energy cofactor is unusual, but not wasteful because it dovetails with the purine biosynthetic pathway. The remnant of ATP that is released after the transfer of N-1 and C-2 is 5-aminoimidazole-4-carboxamide ribonucleotide, an intermediate in the biosynthesis of purines (see Fig. 21-27) that can rapidly be recycled to ATP.

Lehninger-Nelson-Cox: Principles of Biochemistry, 708.o.

2017. július 19., szerda

Hoppsz: linoleátot és linolenátot sem tudunk gyártani !

Linoleate, 18:2(Δ9,12), and α-linolenate, 18:3(Δ9,12,15, cannot be synthesized by mammals, but plants can synthesize both. The plant desaturases that introduce double bonds at Δ12 and Δ15 positions are located in the endoplasmic reticulum. These enzymes act not on free fatty acids but on a phospholipid, phosphatidylcholine, containing at least one oleate linked to glycerol (Fig. 20-15, p. 656).
Because they are necessary precursors for the synthesis of other products, linoleate and linolenate are essential fatty acids for mammals; they must be obtained from plant material in the diet.

Lehninger-Nelson-Cox: Principles of Biochemistry, 655.o. 

2017. július 18., kedd

Az élet-energia raktára

When a cell or organism has more than enough metabolic fuel available to meet its energetic needs, the excess is generally converted to fatty acids and stored as lipids such as triacylglycerols. The reaction catalyzed by acetyl-CoA carboxylase is the rate-limiting step in the biosynthesis of fatty acids, and this enzyme is an important site of regulation. In vertebrates, palmitoyl-CoA, the principal product of fatty acid synthesis, acts as a feedback inhibitor of the enzyme, and citrate is an allosteric activator (Fig. 20-12a)

Lehninger-Nelson-Cox: Principles of Biochemistry, 652.o. 

2017. július 17., hétfő

Öregedés Elleni Projekt (ÖEP) javaslat - informatikai megközelítésben


Tisztelt Döntéshozó Úrhölgy / Úr !


1.    Kvalitatív vizsgálattal (szemrevételezéssel) megállapítható, hogy az öregedés program.

2.    Általánosítva, az emberi test szénlánc-alapú hardver, amely az „élet” nevű programot futtatja.
Each component of a living organism has a specific function.  This is true not only of macroscopic structures such as leaves and stems or hearts and lungs, but also of microscopic intracellular structures such as the nucleus or chloroplast.  Even individual chemical compounds in cells have specific functions.  The interplay among the chemical components of a living organism is dynamic; changes in one component cause coordinating or compensating changes in another, with the result that the whole ensemble displays a character beyond that of the individual constituents. The collection of molecules carries out a program, the end result of which is the reproduction of the program and the self-perpetuation of that collection of molecules.
(Lehninger-Nelson-Cox: Principles of Biochemistry, 4.o.)

3.    Valamennyi élőlény ugyanazt az „élet” programot futtatja, más-más hívási paraméterekkel.

4.    Az „élet” programot futtató mikroprocesszorok a sejtek, amelyek egymással és a környezetükkel interakcióban állnak.

5.    Az „élet” program fejlesztési stádiumban van, a szoftverfejlesztő a Teremtő, a fejlesztési módszer az evolúció.

6.    Az evolúció a humán szoftverfejlesztési gyakorlatban is ismert próbálgatásos technikát alkalmazza: ha a szülőpár találomra kiválasztott génkombinációja (magának a szülőpárnak a kiválasztásában lehet tudatos szándék) alapján létrejövő új egyed „jobb” lesz, mint a szülei, akkor „előre” halad az evolúció, ha gyengére sikerül, akkor az utód kiselejteződik.

7.    Az új szoftververzió (génkészlet) installációja új egyed létrehozásával jár együtt.

8.    Az orvostudomány ma érvényes doktrínája szerint az öregedés nem betegség, hanem szolgáltatás („it's not a bug, it's a feature”): az evolúció működéséhez szükséges, hogy új egyedek keletkezhessenek, ahhoz, hogy mégse legyen túlnépesedés, a szülőpárnak meg kell halnia.  Az öregedés funkció azért van beépítve az „élet” programunkba, hogy ha sem halálos betegség, sem halálos baleset nem ér minket, akkor is haljunk meg, végelgyengülésben.

9.    Az evolúció vak: a születő utód akkor „jobb”, mint a szülei, ha jobban alkalmazkodik a környezetéhez, az „előre” haladás a környezethez való jobb alkalmazkodást jelenti.

10.    Az ember korlátozza az evolúció működését: ahelyett, hogy alkalmazkodna a környezetéhez, a környezetét alakítja az igényeihez.

11.    Azzal, hogy az ember beavatkozik a környezetébe, az ember spontán evolúciója visszájára fordult: egyre kevésbé életképes egyedek is életben maradnak.

12.    Az evolúció vak: nincs más „célja”, mint a környezethez való alkalmazkodás.  Azzal, hogy az ember kikapcsolta a környezethez való alkalmazkodást, mint evolúciós „célt”, magát az evolúciót tette értelmetlenné, működésképtelenné.

13.    Más szóval mondhatjuk azt, hogy a spontán evolúció elérte a célját: minket.

14.    Ismét más szóval: mondhatjuk azt, hogy az „élet” program készen van.

15.    Ha az „élet” programunk készen van, akkor abbahagyhatjuk a generációváltásos szoftverfejlesztést: kiiktathatjuk a biológiai programunkból a halál szolgáltatást.

16.    Az öregedés + halál szolgáltatás már eddig sem működött kielégítően: az emberiség a túlnépesedés állapotában van.  Az öregedés + halál szolgáltatás majdani kikapcsolása ezen a helyzeten látszólag tovább ront, valójában nem: nehezebb azt mondani, hogy a gyerekszületést csökkentsük és/vagy a halálozást fokozzuk, mint azt, hogy a születést is és az elhalálozást is teljesen hagyjuk abba.

17.    A gyerekszülésről való lemondás fájdalmas lesz, de nincs más választásunk: ha nem tesszük meg, azzal azt érjük el, hogy bekövetkezik az ökológiai katasztrófa és valamennyien elpusztulunk.

18.    Az öregedés funkció ma úgy működik, hogy a megszületett élőlény egyedfejlődése nem zárul le akkor, amikor elérte a teljesen kifejlett állapotát, hanem tovább folytatódik, átvált hanyatlásba.

19.    Az öregedés terápiája az lenne, hogy a sejtregenerálódás folyamatába beavatkozunk: a teljesen kifejlett egyed továbbfejlődését leállítjuk, hogy a keletkező új sejt pontosan ugyanolyan legyen, mint az elhalt régi (és ne öregebb).

20.    Ez szerfölött nehéz és kockázatos feladat, ráadásul az emberi génkészlet manipulációját ma még törvénnyel tiltják.

21.    Az öregedés tüneti kezelésére törekszenek azok az amerikai kutatók, akik megállapították, hogy a vérünk olyan interfész, amely nemcsak a testünk biológiai állapotának kijelzésére alkalmas, de alkalmas annak befolyásolására is.

22.    Ebben a kutatásban mai tudásom szerint a Wyss-Coray Lab jár az élen:
Palo Alto Veterans Institute for Research (Main Lab)
Center for Tissue Regeneration, Repair, and Restoration
3801 Miranda Avenue
Building 100, Rooms D3-111 to D3-151
Palo Alto, CA 94304 
http://web.stanford.edu/...


23.    Ők megállapították, hogy a vérünkben lévő timer nem az alakos testekben, hanem a vérplazmában van.

24.    Javasolom, hogy Magyarország csatlakozzon ehhez a kutatáshoz, ne is csak a követés, hanem a világelsővé válás szándékával.

2017. július 16., vasárnap

Öregedés Elleni Projekt (ÖEP) javaslat - morálteológiai megközelítésben


Nagytiszteletű Úrhölgy / Úr !


    Építészmérnöki végzettséggel, 36. éve az informatikai szakmában dolgozom.
    Sajtóhírekből értesültem, hogy Amerikában az öregedés titkának megfejtésén, az öregedés folyamatának megállításán, sőt, visszafordításán dolgoznak.
    A téma fölkeltette az érdeklődésemet, elmélyedtem benne.
    Megértettem, hogy a Teremtés hatodik napján születtünk, alkonyat fele.  A Teremtő még nem fejezte be alkotó munkáját, ma is dolgozik rajtunk.  Munkamódszere az evolúció, amely a szülőpárok génkombinációjával létrehozott, a szülőkéinél jobb képességű utódok útján halad előre.  Az öregedés és a halál nem sorscsapás, hanem a félkész emberbe beleprogramozott önmegsemmisítő funkció, a túlnépesedés elkerülésére.  Azt is megértettem, hogy mi, az emberek vagyunk Isten szeme és Isten keze:  nekünk kell észrevennünk, hogy a Teremtés műve kész van, és nekünk kell az elkészült ember biológiai programjából kiiktatnunk az öregedés + halál funkciót.
    Ezen a ponton bennem, mint programozóban hivatástudat ébredt, hogy az Öregedés Elleni Projektet megszervezzem.
    Első gondolatom az volt, hogy a Magyar Államot próbálom megnyerni projektalapítónak, de a hivatalnokok a téma iránt közömbösek maradtak, elutasítottak.
   Ezért fordulok most Nagytiszteletű Úrhölgy / Úrhoz avval a kéréssel, hogy az irgalmas szeretet nevében karoljuk föl a ma még könyörtelenül halálra ítélt szegény öregeket.

Tisztelettel:
Budakalász, 2017. július 16.

Rácz András
fejlesztőmérnök, projektmenedzser

2017. július 12., szerda

Az élet-anyag forrása

The plant enzyme is located in the chloroplast stroma, where it makes up about 50% of the total chloroplast protein. Rubisco, which does not occur in animals, is the most abundant enzyme in the biosphere; it is the key enzyme in the production of biomass from CO2.

Lehninger-Nelson-Cox: Principles of Biochemistry, 621.o.

2017. július 9., vasárnap

Életünk az entrópia ellenében

Jenő bácsival negyven évvel ezelőtt találkoztam utoljára, akkoriban egy évfolyamtársam szállásadója volt, ma már bizonyára valamelyik égi bérház lakója.
Valószínűleg nem volt olyan öreg, mint amennyinek látszott - nem kímélte volt őt az élet.
Habókosnak tartották s alighanem okkal.
Mégis, egy halhatatlan mondással szerzett magának helyet minden tudományok pantheonjában.
Láttuk, amint a fürdőszobai mosdó fölé hajolva hosszasan tanulmányozza a víz csobogását, majd hozzánk fordult és közölte: "A víz lefelé folyik."
Ezt a gyémántkeménységű megállapítást általánosítva az entrópia alaptörvényéhez jutunk: minden természeti jelenség a magasabb potenciálú állapot felől az alacsonyabb felé ("lefelé"), az entrópia irányába halad.

Thus the synthesis of glucose from pyruvate is a relatively costly process. Much of this high energy cost is necessary to ensure that gluconeogenesis is irreversible. Under intracellular conditions, the overall free-energy change of glycolysis is at least -63 kJ/mol. Under the same conditions the overall free-energy change of gluconeogenesis from pyruvate is also highly negative. Thus glycolysis and gluconeogenesis are both essentially irreversible processes under intracellular conditions.

(Lehninger-Nelson-Cox: Principles of Biochemistry, 606.o.)
A "víz lefelé folyik" törvény alapján értjük, hogy a glükóz hogyan tud lebomlani széndioxiddá és vízzé: az nyilvánvalóan "lejjebbi" energiaállapot.
De hogyan lehetséges, hogy a folyamat fordított irányban, az entrópia ellenében is le tud zajlani: a bomlástermékekből a szervezetünk a glükózt vissza tudja építeni ?
Hogyan lehetséges, hogy egy út "mindkét irányban lejt" ?
Úgy hogy az építő folyamatokat más bomlási folyamatokkal (pl. zsírégetéssel) kapcsolja, így aztán a víz "fölfelé" is tud folyni ...
:)
M.N.

2017. július 5., szerda

Az élet áramszedője (2)

Figure 18-47 The purple sulfur bacterium Rhodopseudomonas viridis performs light-driven ATP synthesis

The bacteriochlorophylls, bacteriopheophytins, and quinone are held rigidly in a fixed orientation relative to each other by the proteins of the reaction center. The photochemical reactions among these components therefore take place in a virtually solid state, accounting for the high efficiency and rapidity of the reactions; nothing is left to chance collision or dependent upon random diffusion.

Lehninger-Nelson-Cox: Principles of Biochemistry, 589.o.

Üzenem Hawking úrnak: maradjunk itt

Hawking úr szerint el kellene költöznünk.

Azt mondja, hogy a globális fölmelegedés már visszafordíthatatlan és hogy "az agresszió 'beépült' az emberekbe, és az az emberiség legjobb reménye a túlélésre, ha elhagyja a Földet és más bolygókon él tovább".

Állítólag ezt mondja, de én ezt nem akarom elhinni: ilyen okos ember nem mond ilyen csacsiságokat.

A klíma-problémával többféleképpen is megküzdhetünk.  Egyrészt nem látom be, hogy a fölmelegedés ugyan miért volna megfordíthatatlan: lehet csökkenteni a hőfelvételt és lehet fokozni a hőleadást.  Másrészt pedig, ha tényleg nem tudjuk megfordítani, akkor megtanulhatjuk, hogy hogyan kell élni abban a más klímában.

Ha pedig az agresszió valóban véglegesen és végletesen 'beépült' volna az emberekbe, akkor kár elköltöznünk, mert ugyanúgy tönkretennénk az új helyünket, mint tettük, tesszük evvel a régivel.

Tehát (állítólag) Hawking úr szerint a Tűzözön elkerülhetetlen és túlélhetetlen.

Van egy jó hírem: Hawking úr (állítólagos) pesszimizmusa alaptalan.

A Tűzözön lehet hogy elkerülhetetlen, de túlélhető: a túlélés módja a Noé-II. projekt.

:)
M.N.

2017. július 2., vasárnap

Reverse engineering: az "élet" program megfejtése

Cyanobacteria are photosynthetic prokaryotes (formerly called blue-green algae) in which the machinery and mechanism for light capture, electron flow, and ATP synthesis are similar in many respects to those in the chloroplasts of higher plants. The bacteriumlike division of chloroplasts, and their similarities to cyanobacteria in photosynthetic components and mechanisms, support the hypothesis that chloroplasts arose during evolution from endosymbiotic prokaryotes that also gave rise to modern cyanobacteria (see Fig. 2-17). Studies of photosynthesis in lower eukaryotes and prokaryotes may therefore yield insight into photosynthetic mechanisms that is generalizable* to the higher plants.

Lehninger-Nelson-Cox: Principles of Biochemistry, 588.o.
_______________
*) A generalizáció alapvető programozási technika

Van egy rossz (vagy jó) hírem: a testünk alacsony hőmérsékleten működő gőzgép !

"Living cells are chemical engines that function at   constant temperature." Lehninger-Nelson-Cox: Principles of Biochemistry, ...